局机关内设机构

办公室 法规规范处（执法督察处） 综合计划处 财务会计处 人事教育处 指挥中心（搜救中心办公室） 通航管理处 船舶监督处 船员管理处 危管防污处 船舶检验管理处 安全管理处 航海保障管理处 基建装备处 科技信息处 审计处 党组工作部（组织处） 宣传处 纪检办公室 直属机关党委办公室（工会办公室）

处室办事机构

政务中心 船员考试中心 船舶交通管理中心

分支机构

新港海事局 南疆海事局 海河海事局 北疆海事局 东疆海事局 大沽口海事局 大港海事局

所属事业单位

后勤管理中心