北疆海事局共有9个部门，分内设机构和处室办事机构。设内设机构7个，分别为：办公室、综合业务处、指挥中心、政治处、港北海巡执法大队、东突堤海巡执法大队、四港池海巡执法大队；设处室办事机构2个，分别为：政务中心、危防中心。

目前，全体工作人员采取“业务用房、航运中心”两地办公模式，办公室、政治处、综合业务处、指挥中心、四港池海巡执法大队、港北海巡执法大队、东突堤海巡执法大队在业务用房办公，政务中心、危防中心在航运中心办公（航运中心办公区工作人员约20人）。

办公地址：天津市滨海新区航运六道920号。

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